زیرساخت زیست‌اطلاعاتی
C++ IgBLAST Wrapper
یک ابزار C++ که فایل اجرایی NCBI IgBLAST و منابع مرجع انسانی را در یک گردش‌کار خط فرمان کنار هم قرار می‌دهد. ابزار، حاشیه‌نویسی را اجرا و جدول AIRR را با فیلدهای مشتق‌شده غنی می‌کند؛ خود حاشیه‌نویسی را IgBLAST انجام می‌دهد.
سهم من
نیاز پژوهشی و طراحی با همکاری همکاران و استادان راهنما در آزمایشگاه ComputImm شکل گرفته است. پیاده‌سازی و استقرار نرم‌افزار را من انجام داده‌ام.
نحوهٔ کار
ورودی خط فرمان
فایل FASTA یا یک توالی نوکلئوتیدی.
آماده‌سازی و حاشیه‌نویسی
استخراج فایل اجرایی و منابع انسانی در محیط موقت و اجرای NCBI IgBLAST.
غنی‌سازی AIRR
حفظ ستون‌های اصلی؛ افزودن خانوادهٔ V، D و J و طول آمینواسیدی CDR3 در صورت نبود.
جزئیات فنی
همراه‌سازی منابع
CMake فایل اجرایی وابسته به سکو و منابع منتخب ردهٔ زایشی انسانی را هنگام ساخت در برنامه قرار می‌دهد. برنامه در زمان اجرا آن‌ها را در محیط موقت اختصاصی استخراج می‌کند.
اجرای حاشیه‌نویسی
ورودی می‌تواند فایل FASTA یا یک توالی نوکلئوتیدی باشد. ابزار، NCBI IgBLAST را با تنظیمات ایمونوگلوبولین انسانی اجرا می‌کند.
غنی‌سازی خروجی
ستون‌های اصلی AIRR حفظ می‌شوند و در صورت نبود، خانوادهٔ V، D و J و طول آمینواسیدی CDR3 افزوده می‌شوند. این‌ها فیلدهای مشتق‌شده‌اند، نه استاندارد جدید AIRR.
شواهد و دامنهٔ کاربرد
مخزن شامل پیاده‌سازی C++، دستورالعمل ساخت با CMake و نمونهٔ استفاده برای یک توالی است. سهم پروژه بسته‌بندی منابع، هماهنگ‌کردن اجرا و افزودن فیلدهای مشتق‌شده است. مجموعه‌آزمون خودکار یا سنجش دقت و کارایی ارائه نشده است.
محدودیت‌ها
- گردش‌کار بسته‌بندی‌شده برای ایمونوگلوبولین انسانی است؛ گونه‌های دیگر و گیرنده‌های سلول T در دامنهٔ مستندشدهٔ آن نیستند.
- ابزارهای ساخت لازم‌اند. فایل اجرایی macOS همراه، x86-64 است؛ استفاده روی Apple Silicon با Rosetta 2 مستند شده است. پشتیبانی از ویندوز مستند نشده است.
- NCBI IgBLAST و منابع مرجع، اعتبار و شرایط بازتوزیع بالادستی خود را دارند. یکپارچه‌سازی سرتاسری با ClonoDefs نشان داده نشده است.
کد و مستندات
نسخهٔ مستندات بررسی‌شده در ۲۸ اکتبر ۲۰۲۶ · 12cec6ce7148